Blog::isop

解決しました。
Milanoさんのblogより、

MovableTypeを複数設置している場合は、その分だけURLを入力しておきます。 ここで入力するURLは＜mt.cfg＞でCGIPathに設定したURLのことです。 ここに入力したウェブログは全て１つのTypeKey トークンで使用出来ます。

これでした。バーチャルドメイン設定してるせいで、CGIPathとTypeKeyに設定してたURLが違ってました。
というわけで、CGIPathに設定してあるURLをTypeKeyに登録したら、無事にコメントできるようになりました。

みなさま、どんどんつっこんでください。